Mustafa, Sultan Süleyman’ın sekiz oğlundan birisidir. Sultan’ın Abdullah, Murad, Mahmud adlarındaki üç oğlu taht mücadelelerinden önce vefat etmişlerdir. Sultan Süleyman’ın Mehmed, Selim, Bayezid ve Cihangir oğulları Hürrem Hatundan olmadır; Mustafa ise Gülbahar Hatundan (Mahidevran) olmadır. Manisa’da yedi yıl sancakbeyliği yapan Şehzade Mustafa, kendisini ve annesini himaye ettiği anlaşılan babaannesi Hafsa Sultan’ın ölümü (1534) ve iyi ilişkiler içinde bulunduğu veziriazam İbrahim Paşa’nın Irakeyn Seferi (1533-1536) sonrasında öldürülmesi üzerine saraydaki destekçilerinden mahrum kalmış ve Hürrem Sultan’dan olma kardeşlerine göre zamanla geri plana itilmiştir.